通灵能力是衡量角色战斗力的重要指标之一。综合原作设定与游戏表现，通灵能力最强的角色集中在宇智波斑、漩涡长门、自来也等顶级忍者身上。这些角色不仅拥有强大的通灵兽，还能通过通灵术改变战场格局。评判标准包括通灵兽的战斗力、通灵术的多样性以及实战中的战略价值。
宇智波斑的通灵能力主要体现在外道魔像和九尾妖狐的召唤上。外道魔像是十尾的躯壳，具备毁灭性的力量，斑通过轮回眼将其召唤至战场后，可直接扭转战局。九尾妖狐作为最强尾兽，斑曾通过写轮眼操控其参与战斗，两者的结合使斑的通灵能力达到巅峰。斑还能通灵陨石进行范围打击，这种能力在游戏中通常表现为高伤害的AOE技能。
漩涡长门的通灵能力通过佩恩六道中的畜生道展现。畜生道无需签订契约即可召唤多种通灵兽，包括分裂犬、变色龙、犀牛等，这些通灵兽均具备特殊能力，例如分裂犬受到攻击后会增殖，极大干扰敌方行动。长门本体还能通灵外道魔像，尽管消耗巨大，但外道魔像的压制力无可匹敌。在畜生道的通灵兽通常拥有高频率的攻击和干扰效果，适合消耗战。
自来也的通灵能力以妙木山蛤蟆体系为核心，包括蛤蟆文太、深作与志麻两大仙人。文太作为早期登场的通灵兽，攻防一体，擅长剑术与火遁；而两大仙人能配合自来也施展仙术，例如仙法·五右卫门。游戏中的自来也通常以高爆发和控场能力著称，其通灵兽技能多为范围伤害或增益效果。
千手柱间的通灵术五重罗生门是防御系通灵的天花板。该术能抵挡尾兽玉级别的攻击，在游戏中表现为绝对防御机制。纲手的蛞蝓和大蛇丸的万蛇也值得一提，蛞蝓擅长群体治疗，万蛇则以高攻击性见长。但这些通灵兽的泛用性略逊于斑和长门的召唤物。
长门和自来也则分别在多样性及战术协同上占据优势。玩家在游戏中可根据战斗需求选择对应角色，例如需要爆发输出时优先斑，而持久战则可考虑长门或自来也。
