隐藏关卡的设计为游戏增添了探索乐趣，但这些关卡往往需要特定条件才能触发，且进入方式较为隐蔽。溶洞关卡是首个隐藏关卡，对应冰雪关卡，进入条件为击败雪山关卡的BOSS后，有50%几率发现被堵住的路，解救矿工后即可解锁。BOSS房间内是否有封闭走廊可提前预判是否触发隐藏关。溶洞关卡的难点在于冰面摩擦力极低，走位难度大幅提升，且爆炸类攻击会引发冰锥坠落，需谨慎选择武器和技能。
沼泽关卡对应森林关卡，进入方式更为复杂。需在森林小怪房间找到奉献池，累计投入10把红武（或使用超级大宝贝儿替代）后，BOSS将被强制替换为哥布林祭师，击败后出现紫色传送门。沼泽地形会减缓玩家移动速度，且宝箱自动开启机制与常规关卡不同。该关卡对武器消耗和走位策略要求较高，尤其是无伤击败BOSS可获得特殊增益，但复活后会附加负面效果。
墓穴关卡对应遗迹关卡，进入条件为击败遗迹BOSS后触发石碑谜题。需在时限内通过方向键移动符文解谜，失败后可暴力破解（如使用一拳或超级大宝贝），但会获得隐藏成就大力出奇迹。墓穴的深坑地形需全程避免掉落，完成凌波微步成就后可解锁背景音乐磁带。该关卡对操作精度和谜题反应速度有较高要求，部分玩家可能因时限压力选择暴力破解。
隐藏关卡的共同特点是地形机制独特，如溶洞的冰锥、沼泽的减速、墓穴的深坑等，且均需无伤击败BOSS才能获得增益效果。达成谜中谜成就需通关全部三个隐藏关，奖励为BOSS音乐混剪。由于触发条件分散且部分要求苛刻（如红武献祭），建议玩家提前规划资源，并优先提升角色生存能力以应对高难度机制。
