反三能力是衡量忍者强度的核心指标之一，尤其在决斗场的高端对局中，具备卓越反三能力的忍者往往能扭转战局。综合游戏机制与实战表现，宇智波斑秽土转生、千手柱间、长门秽土转生和雷影艾四代目的反三能力最为突出。这些忍者凭借独特的技能机制与高爆发输出，成为玩家在逆风局中翻盘的首选。
宇智波斑秽土转生的反三能力源于其攻守兼备的技能设计。他的奥义可根据回合奇偶切换为八坂勾玉·燃或天碍震星，均具备阵营范围伤害与易伤效果，必杀时还能重启结界强化团队输出。被动封术吸印提供闪避与伤害减免，极大提升生存能力，而木遁·树界降诞·燃的结界效果进一步增加暴击伤害。这种兼具爆发与续航的特性，使斑在残局中能快速压制对手。
千手柱间的反三优势体现在普攻触发的格挡机制上。他的二技能木遁·木龙之术可通过普攻被动触发，成功格挡后能迅速反击并衔接高伤技能。这种无需依赖技能冷却的防反设计，使柱间在连续战斗中保持稳定输出。他的奥义仙法·木遁·真数千手具备全屏压制效果，配合霸体状态可无视敌方控制，成为残局翻盘的关键。
长门秽土转生的反三能力则依赖于其全能性。他的技能组合涵盖远程起手、无敌帧、抓取和蹭豆效果，几乎没有短板。奥义地爆天星可接技能稳定输出，而被动轮回眼提供的多种形态切换，使其能灵活应对不同战况。这种无死角的技能设计，让长门在反三时能根据敌方剩余血量选择最优策略，无论是消耗还是爆发均游刃有余。
雷影艾四代目的反三核心在于雷铠的极致爆发。开启雷铠后，他获得位移、无敌、霸体和破霸体效果，四豆状态下可无视敌方防御强行输出。其奥义雷遁·雷犁热刀具备高额单体伤害与抓取效果，配合普攻的快速突进，能在短时间内终结残血对手。这种以攻代守的机制，使雷影成为速攻反三的典型代表。
